micasco,
acho que estás a baralhar a rotação com velocidade.... o facto de cortares 6º na recta com relação curta não significa que vás á mesma que se fosses a cortar 6º com a relação de origem, como é obcvio... lol
Quando encurtas (ou alongas) a relação de caixa, aumentas/alteras o erro de velocimetro. A razão é porque as motas recentes têm o sensor de velocidade ligado algures directamente no motor (?? é na cambota se não estou em erro...) e as medições de velociade são feitas aí... ou seja, se vai em 6º ás 15.000rpm a cambota vai a rodar a 15.000 e a electronica le o sensor e converte isso baseado numa formula qualquer que te mostra no velocimetro a velocidade que vais (ex.: 299 km/h). se encurtares a relação a unica diferença é que atinges as 15.000 em 6º mais rápido, mas na realidade a tua velocidade real é mais lenta... no mostrador vais ver na mesma 299 Km/h pq a cambota roda á mesma velocidade... logo, o erro de velocimetro altera.
Existe por aí no mercado umas caixinhas que conseguem alterar estas leituras do sensor de velocidade para se conseguir corrigir o erro de velocimetro... mas para pista é melhor é não ver o velocimetro 
Se a velociade fosse medida á moda antiga com uma bixa á roda, aí não tinhas este problema de alterares o erro de veloc. quando alteras as relações porque continuavas a medir a velocidade á roda e não á cambota.
Estás certo quando dizes que a alteração de relação de caixa muda a velocidade que cada mudança atinge... mas não é directamente relacionado com erro de velocimetro.
... a minha CBR com relaçã curta no estoril chega aos 290 e qq coisa no velocimetro... mas depois o GPS diz que é só uns miseros 258 +/- 
oh Micasco, atenção... eu tambem não sou expert! tou sou a partilhar o meu entendimento sobre a materia (que acho interessante) ... eheh 
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